男性生殖器过小的原因可能包括：

1. 遗传因素：遗传因素在决定生殖器大小上发挥着重要作用。某些基因可能导致男性生殖器发育不足。

2. 胎儿期环境因素：胎儿期的环境因素，如激素水平、营养状态等，对生殖器发育有影响。不良的胎儿期环境可能导致生殖器发育不全。

3. 睾丸问题：睾丸是生产睾酮的主要器官，睾酮是男性性征发育的关键激素。睾丸问题，如睾丸功能不全或睾丸发育异常，可能导致生殖器大小不正常。

4. 激素水平异常：激素水平异常，特别是睾酮水平低下，可能影响生殖器的正常发育。

5. 生活方式因素：不良的生活方式，如不健康的饮食习惯、缺乏运动等，可能对男性生殖器发育产生负面影响。

6. 器质性问题：少数情况下，男性生殖器过小可能是由器质性问题引起的，如先天性畸形等。

在面对这个问题时，最好咨询专业医生以获得个性化的建议和治疗方案。