勃起时出现轻微疼痛可能是由于以下原因：

1. 过度摩擦或刺激：在性行为或自慰过程中，过度摩擦或刺激阴茎可能导致轻微疼痛。

2. 包皮过紧：如果包皮过紧，阻碍了阴茎头部完全暴露，勃起时可能会感到不适甚至疼痛。

3. 阴茎龟头炎：阴茎龟头炎是龟头周围组织的炎症，可能导致勃起时的疼痛感。

4. 尿道炎症：尿道炎症也可能导致勃起时的不适感。

5. 器官异常：一些器官异常，如勃起功能障碍或勃起异常曲度，可能会引起勃起时的疼痛感。

如果勃起时出现持续或严重的疼痛，建议及时就医，寻求专业医生的帮助和建议。