男孩生殖器出现两个水疱可能是由于多种原因引起的。水疱的出现可能是一种正常生理现象，也可能是某种感染或疾病的表现。在正常情况下，男孩生殖器可能会出现一些小水疱，这些疱疹通常是无害的，不会引起其他症状，并且会随着时间逐渐消失。如果水疱伴随着其他症状如疼痛、瘙痒、发热等，就有可能是某种感染或疾病的表现，例如疱疹病毒感染、生殖器疣等。

要确定水疱的具体原因，建议尽快就医进行专业检查。医生可能会通过检查症状、进行实验室检验或影像学检查等方式来确诊，并据此制定相应的治疗方案。在等待就医期间，建议保持生殖器区域清洁干燥，避免自行处理或使用药物，以免加重症状或延误病情。及时就医是保障健康的重要措施，以便得到正确的诊断和治疗。