男性在进行分泌物检查后出现小便痛的现象，可能有以下几种原因：

1. 尿道刺激或损伤：在分泌物检查过程中，医务人员可能会使用棉签或其他器械插入尿道，这可能会导致尿道黏膜受到刺激或轻微损伤，从而引起小便时的疼痛。

2. 感染：检查过程中如果消毒不彻底或操作不当，可能会导致尿道感染，从而引发小便痛。这种情况下，可能还会伴随其他症状如分泌物增多、尿频或尿急等。

3. 检查前的基础病因：如果患者本身就有尿路感染、前列腺炎或其他生殖系统疾病，检查后这些症状可能会加重，导致小便痛的感觉更明显。

4. 心理因素：有些男性对检查过程较为紧张或敏感，可能会在检查后出现短暂的尿道不适或小便痛。

对于小便痛的症状，建议以下处理方式：

• 多喝水：增加尿量有助于冲洗尿道，减轻疼痛。
• 观察症状：如果小便痛持续时间较短且疼痛不严重，可以先观察几天。如果症状持续或加重，需及时就医。
• 避免刺激性食物：如辛辣食物、酒精等，以减少对尿道的进一步刺激。

如有必要，建议在医生指导下进行相关检查，如尿液分析、尿道分泌物培养等，以确定是否存在感染并进行相应治疗。