阴茎短小可能由多种原因引起，这些原因可分为先天性和后天性因素。先天性因素包括基因和遗传因素。在胚胎发育过程中，性激素的缺乏或不平衡可能导致阴茎发育不完全。例如，睾酮不足或身体对睾酮不敏感（如5α还原酶缺乏症或雄激素不敏感综合症）都可能导致阴茎短小。

后天性因素则包括环境和生活方式因素。儿童时期的营养不良或严重疾病可能影响整体生长发育，包括阴茎的发育。青春期前后的内分泌疾病，如甲状腺功能减退或生长激素缺乏，也可能导致阴茎短小。外伤或手术损伤也可能是原因之一。

一些药物和化学物质的暴露，如孕期母亲接触的某些药物或环境中的内分泌干扰物，可能影响胎儿的生殖系统发育。心理因素也可能在某些情况下影响阴茎的感知长度，但不会实际改变其物理尺寸。

阴茎短小的成因复杂多样，通常需要结合病史、体检和必要的实验室检查进行全面评估，以确定具体原因并制定相应的治疗方案。