男性衣原体感染导致治疗困难的主要原因可能包括以下几个方面：

1. 耐药性菌株： 衣原体可能产生耐药性，使得常规药物难以有效清除感染。
2. 治疗方案不完整： 治疗方案可能不完整或不符合标准，例如药物使用不规范、剂量不足等。
3. 潜伏感染： 衣原体可能长期潜伏在体内，导致反复感染或治疗效果不佳。
4. 合并感染： 其他病原体的合并感染可能影响衣原体的治疗效果。
5. 免疫力问题： 患者自身免疫力下降或存在免疫抑制因素，影响治疗效果。

针对这些问题，建议进行全面的检查和评估，包括检测耐药性菌株、完善治疗方案、排除合并感染、提高免疫力等措施，以提高治疗的有效性和持久性。建议密切遵循医嘱，定期复查和评估疗效，及时调整治疗方案。