这种情况可能是由多种原因引起的，包括但不限于以下可能性：

1. 过度使用：频繁性生活或手淫可能导致阴茎组织疲劳和不适。

2. 性生活过程中的姿势或力度：某些姿势或过度的力度可能会导致根部疼痛。

3. 阴茎根部炎症：可能是由于感染或其他炎症性疾病引起的。

4. 勃起功能障碍：一些性功能障碍可能导致疼痛感。

5. 其他潜在疾病：如阴茎异常弯曲（胡萝卜状阴茎）、阴茎海绵体炎、包皮过长等。

建议及时就医，进行详细检查和诊断，以确定具体原因，并根据医生的建议进行治疗。