男性肚子两侧疼痛可能由多种原因引起，其中包括但不限于消化系统问题（如胃溃疡、胆囊炎、胰腺炎）、肾脏问题（如肾结石、肾盂肾炎）、腹部疾病（如阑尾炎、肠梗阻）、神经系统问题（如神经痛）、肌肉韧带拉伤或扭伤等。除此之外，腹部疼痛还可能与外伤、过度运动、感染、过敏反应或慢性疾病（如炎症性肠病）等因素有关。因此，确切的诊断需要综合考虑患者的症状、体征、病史以及可能的实验室检查和影像学检查结果。建议患者在出现持续或剧烈的腹痛时及时就医，以便尽早确定病因并进行相应的治疗。