肛门尖锐湿疣的治疗方法包括局部治疗和全身治疗两种。局部治疗主要包括冷冻疗法、外科手术和药物治疗。冷冻疗法通过液氮或二氧化碳冷冻病变组织，达到破坏病毒和减轻症状的目的。外科手术则是通过手术切除病变组织，常用于大面积或难以治愈的病例。药物治疗主要包括外用药和口服药，如外用的雷帕霉素和克林霉素，以及口服的维生素类药物和免疫调节剂。

全身治疗则主要是通过免疫调节剂或化学药物来抑制病毒复制和增强机体免疫功能，以达到控制病情的目的。常用的全身治疗药物包括干扰素和来那度胺等。

在选择治疗方法时，应根据患者的具体情况，包括病变程度、症状严重程度、个体健康状况和治疗偏好等因素进行综合考虑，并在医生的指导下选择最合适的治疗方案。对于肛门尖锐湿疣的治疗，持续的监测和随访也是十分重要的，以评估治疗效果并及时调整治疗方案。