肾结核引起的小便疼痛需要专业的医疗评估和治疗。一般情况下，治疗肾结核的药物方案应由专科医生根据患者具体情况来确定，因此患者应尽快就医寻求专业帮助。常见的治疗包括抗结核药物治疗，如异烟肼、利福平、乙胺丁醇等，具体使用药物和治疗方案需要医生根据患者的病情、药物耐受性和患者本身的身体状况来进行综合考虑和确定。

针对小便疼痛可以考虑辅助治疗措施，如足够的水分摄入以促进尿液排出，避免过于刺激性食物和饮料的摄入，保持适当休息和避免过度劳累等。但是，任何药物治疗和具体的健康建议都应由专业医生进行指导和管理，以确保治疗效果和减少潜在的不良影响。