治疗肛门尖锐湿疣的方法主要包括局部治疗和全身治疗两种。局部治疗包括外用药物和手术治疗。外用药物常用于轻度和中度病例，如外用酸、冷冻疗法等。手术治疗通常用于大面积病变或无法通过其他方式治疗的情况，如手术切除、电灼等。全身治疗则主要通过药物治疗，如干扰素、免疫调节剂等，以增强免疫系统抵抗力。具体治疗方案应根据患者的病情严重程度、个体差异和医生的建议确定。值得注意的是，肛门尖锐湿疣是一种性传播疾病，患者应采取有效的避孕措施，并咨询医生了解治疗过程中的注意事项。