先天性睾丸发育不全的病因多种多样，主要包括遗传因素、染色体异常和胎儿期的内外环境影响。

1. 遗传因素：某些基因突变会导致睾丸发育不全。例如，性发育异常综合征（如克氏综合征）与性染色体异常密切相关，通常表现为男性具有额外的X染色体（47, XXY），导致睾丸发育不全。

2. 染色体异常：除了克氏综合征，其他染色体异常如部分X或Y染色体缺失或变异也会影响睾丸的正常发育。这些异常可能导致睾丸功能不足，从而影响性激素的分泌和生殖功能。

3. 胎儿期的内外环境影响：胎儿期的睾丸发育受母体健康状况、营养、内分泌环境以及外界有害因素的影响。如果母体在孕期患有严重疾病、营养不良、接触到有害化学物质或受到辐射等，都可能影响胎儿睾丸的正常发育。母体内分泌失调，尤其是性激素水平异常，也会干扰睾丸的发育过程。

总体而言，先天性睾丸发育不全是多种因素共同作用的结果，具体病因常因个体差异而有所不同。在诊断和治疗过程中，通常需要结合临床症状、基因检测和其他相关检查手段来确定具体原因。