阴茎里面疼痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：

1. 尿道炎症：尿道炎症可以导致尿道内部的疼痛感，通常伴随尿频、尿急、尿痛等症状。

2. 前列腺炎：前列腺炎可能引起阴茎内部的不适感和疼痛，伴随射精时疼痛或尿道分泌物增多等症状。

3. 尿道结石：尿道中的结石可以导致尿道疼痛，并在尿中看到血液。

4. 尿道狭窄：尿道狭窄会导致排尿困难和尿痛感，可能伴随尿道内部疼痛。

5. 性传播感染：某些性传播感染如淋病、非淋菌性尿道炎等可以导致尿道疼痛和尿道内部不适。

6. 尿道损伤：如尿道内插入异物或受伤，可能引起阴茎内部的疼痛。

建议您就医，医生可以通过详细的病史询问、体格检查以及必要的实验室检查（如尿液分析、尿道分泌物培养等）来诊断并制定合适的治疗方案。