小便时阴茎疼痛可能由多种原因引起，包括但不限于尿道感染、前列腺炎、性传播感染、尿道结石等。治疗应根据病因而定，建议就医进行详细检查和诊断。

一般情况下，治疗可能包括以下方面：

1. 药物治疗：针对感染引起的疼痛，可能需要抗生素或其他抗感染药物。医生会根据具体情况开具合适的药物。

2. 饮食和生活习惯调整：饮食上避免刺激性食物，保持充足的水分摄入有助于尿液排出。避免过度性行为可减少性传播感染的风险。

3. 忌烟酒及保持良好的生活习惯：戒烟戒酒，保持足够的休息和适当的运动，有助于提高免疫力，减少感染的可能性。

4. 必要时手术治疗：对于一些严重的疾病，如尿道结石等，可能需要手术治疗。

请注意，以上仅为一般性建议，具体治疗方案需根据医生的诊断和建议进行调整。避免自行用药或延迟就医，以免病情恶化。