肾结石疼痛的原因主要包括以下几个方面：

1. 结石移动：肾结石在尿路中移动时可能会引起剧烈疼痛，尤其是当结石从肾脏进入输尿管时，可能导致输尿管扩张和痉挛，引发剧烈的疼痛。

2. 输尿管梗阻：肾结石堵塞输尿管时，可能会导致尿液滞留和肾脏压力增加，引发胀痛或绞痛。

3. 尿路感染：结石阻塞尿路时，易造成尿液滞留，增加细菌滋生的机会，进而引发尿路感染，疼痛感更为明显。

4. 组织损伤：肾结石在尿路中移动时，可能会擦伤或刺激尿路黏膜和周围组织，引起炎症反应和疼痛。

5. 神经刺激：肾结石对周围神经产生刺激作用，导致疼痛传导，加剧疼痛感。

6. 其他并发症：肾结石可能伴随尿血、尿频、尿急等症状，这些并发症也会增加疼痛感。