肾结核炎不能消失的原因主要包括以下几个方面：

1. 细菌耐药性：肾结核炎由结核分枝杆菌引起，这种细菌容易产生耐药性。如果患者在治疗过程中不按医嘱用药，或治疗不彻底，耐药菌株可能存活并繁殖，导致病情持续或复发。

2. 诊断延迟：肾结核炎的症状不典型，容易与其他泌尿系统疾病混淆，导致早期诊断困难。延迟诊断会使得病情加重，治疗难度增加。

3. 免疫系统问题：患者的免疫系统功能如果较弱，比如老年人、糖尿病患者或HIV感染者，他们更容易感染结核分枝杆菌，且治疗效果较差，病情容易反复。

4. 治疗不规范：一些患者在症状缓解后，可能自行中断治疗，导致病菌没有被完全清除，残存的病菌会在免疫力低下时再次引起感染。

5. 病变部位复杂：肾结核炎常伴有其他器官的结核感染，尤其是泌尿生殖系统。复杂的病变部位增加了治疗的难度，单一的治疗方案难以彻底清除病菌。

肾结核炎不能消失的原因涉及病菌的耐药性、诊断延迟、患者免疫力低下、治疗不规范及病变部位复杂等多个因素。这些因素共同作用，使得肾结核炎成为一种较难治愈的疾病。