手术后刀口疼痛可能是由于手术过程中组织损伤、刀口愈合不完全或手术后并发症引起的。肾结石手术通常会导致刀口周围组织受损，这可能导致刀口疼痛延续至手术后数月。刀口愈合需要时间，有时刀口愈合不完全也会导致疼痛持续存在。手术后可能会出现并发症，如感染、刀口内积液等，这些并发症也可能导致刀口疼痛。建议及时向医生反映疼痛情况，医生可以通过检查判断疼痛的具体原因，并采取相应的治疗措施。