清基胶囊作为一种中药制剂，其副作用可能包括但不限于以下几点：

1. 消化道不适：可能引起恶心、呕吐、腹泻或胃部不适等消化系统问题。
2. 过敏反应：某些人群可能对其中的成分产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒、荨麻疹、呼吸困难等症状。
3. 肝肾功能影响：长期或过量使用可能对肝肾功能造成一定程度的影响，表现为肝功能异常或肾功能受损等。
4. 药物相互作用：与其他药物同时使用时可能发生相互作用，影响药效或增加不良反应的风险。

建议在使用清基胶囊前，务必咨询医生或药师的意见，特别是对于孕妇、哺乳期妇女、儿童或长期服药者，需谨慎使用，并遵循医嘱进行用药。