男性小便总尿不干净可能由多种因素引起，包括但不限于：尿道感染、尿道炎症、前列腺问题、尿道结石或尿路梗阻等。建议进行以下步骤以确定具体原因并寻求适当治疗：

1. 就医：建议咨询医生进行身体检查和必要的检测，如尿液分析、尿培养等，以确定问题的根源。

2. 饮水：增加饮水量有助于稀释尿液并促进排尿，有助于减少细菌滋生。

3. 避免过度清洁：频繁清洁阴茎和尿道可能破坏皮肤的自然防御机制，反而促进细菌感染。

4. 避免过度劳累：过度劳累可能降低免疫系统功能，增加感染的风险。

5. 规律排尿：保持规律排尿有助于清除尿道内的细菌，减少感染的可能性。

请记住，以上建议仅供参考，具体治疗方案需根据个体情况和医生建议确定。