复方乳酸菌胶囊通常被认为是相对安全的补充剂，但在某些情况下可能会导致一些副作用。常见的副作用包括轻微的消化不适，例如腹胀、腹泻或腹部不适。个别人群可能会对复方乳酸菌胶囊中的某些成分过敏，导致过敏反应。长期大剂量使用可能会干扰肠道菌群平衡，尽管这种情况相对罕见。建议在使用复方乳酸菌胶囊之前，应咨询医生或专业医疗保健提供者，特别是对于儿童、孕妇、哺乳期妇女以及患有严重健康问题的人士。