男性生殖器根部有异味可能由多种原因引起，通常包括以下几个方面：

1. 个人卫生：不良的清洁习惯是最常见的原因。生殖器区域容易出汗，如果不定期清洗，汗液、皮脂和细菌会积聚，导致异味。建议每天用温水和温和的清洁剂清洗生殖器及周围区域。

2. 包皮垢积聚：未割包皮的男性更容易在包皮下积聚包皮垢（由死皮细胞、油脂和汗液组成），这也会产生异味。定期翻开包皮清洗可以有效减少这种情况。

3. 感染：真菌感染（如念珠菌感染）或细菌感染（如阴茎炎、尿道炎）也可能导致异味。这类感染通常伴随其他症状，如瘙痒、灼热感、分泌物异常等，需要及时就医并遵医嘱使用抗生素或抗真菌药物。

4. 性传播疾病（STDs）：某些性传播疾病也可能引起异味和不适，例如淋病、衣原体感染等。如果有不安全性行为史，应进行相关检查。

5. 饮食与生活习惯：某些食物（如大蒜、洋葱、辛辣食物）和生活习惯（如吸烟、饮酒）也可能影响体味。调整饮食和戒除不良习惯可能会有所改善。

如果异味持续或伴随其他症状，建议尽快就医，明确诊断并进行适当治疗。定期体检和维护良好的个人卫生习惯是预防异味的关键。