蚓激酶肠溶胶囊存在一些缺点：

1. 针对性限制：蚓激酶主要用于溶解血栓，对其他疾病的疗效较差，如溃疡性结肠炎等。

2. 不良反应：部分患者在使用蚓激酶肠溶胶囊后可能出现胃肠道不适、过敏反应等不良反应。

3. 药物相互作用：蚓激酶可能与其他药物发生相互作用，影响药效，因此在同时使用其他药物时需要谨慎。

4. 价格较高：蚓激酶肠溶胶囊价格相对较高，对一些患者可能存在经济负担。

虽然蚓激酶肠溶胶囊在治疗血栓性疾病方面具有一定的疗效，但其针对性限制、不良反应、药物相互作用以及价格较高等缺点也需要患者在使用时予以考虑。