在北京检查男性性功能问题，可以考虑以下几类医院：

1. 综合医院的泌尿外科或男科：综合医院通常拥有先进的医疗设备和经验丰富的医生团队。北京的几家知名综合医院如北京协和医院、北京大学第一医院和解放军总医院（301医院）等，均设有泌尿外科或男科，可以提供全面的检查和治疗服务。

2. 专科医院：专科医院如北京朝阳医院男科中心和北京大学第三医院（北医三院）男科中心，专门针对男性健康问题，提供更为专业的诊断和治疗方案。

3. 中医医院：如果偏好中医治疗，北京中医药大学东直门医院和北京中医医院也设有男科科室，结合中医药和现代医学，为患者提供个性化的治疗建议。

在选择医院时，建议优先考虑那些拥有良好口碑和专业认证的医疗机构。可以通过查阅医院官网或咨询专业人士，了解具体的检查项目和治疗方案。选择正规且具有资质的医院，是保障诊疗效果和自身健康的关键。