上厕所时阴茎疼痛可能是由多种原因引起的，包括但不限于尿道感染、尿道炎症、前列腺炎等。治疗应根据症状的具体原因而定，建议您尽快就医以获取专业诊断和治疗方案。常见的治疗包括抗生素治疗、消炎药物、止痛药物等，但具体药物及剂量需由医生根据个体情况确定。避免过度用药和自行诊断，以免延误病情或产生不良后果。保持良好的生活习惯和卫生习惯，如勤换内裤、避免过度清洗阴部等，也有助于预防和缓解症状。若症状严重或持续，请及时就医。