阴茎流脓有异味可能是由多种原因引起的。常见原因包括性传播感染（STIs）如淋病、非淋菌性尿道炎等。细菌感染、霉菌感染、滴虫感染等也可能导致此症状。其他可能包括尿道炎、前列腺炎、泌尿系统结石等。在一些情况下，阴茎流脓有异味可能是由于个人卫生习惯不佳或者局部皮肤感染引起的。

建议尽快就医，医生可以通过病史询问、体格检查、实验室检查（如尿液分析、尿道分泌物培养等）来确定病因，并采取相应的治疗措施。自行使用抗生素等药物治疗可能不适当且有风险，因此应避免自行治疗。及时就医并按医嘱进行治疗可以有效缓解症状，并预防病情恶化或传播给他人。