阴茎和阴茎根部隐隐作痛可能是由多种因素引起的，包括但不限于以下几种可能性：

1. 性生活或自慰过度： 过度性活动可能导致阴茎和周围组织的疲劳和炎症，引起隐隐作痛的感觉。

2. 性传播感染： 性传播感染，如淋病、生殖器疱疹等，可能导致阴茎疼痛的症状。

3. 尿路感染： 尿路感染可能引起尿道和阴茎根部的疼痛感。

4. 阴茎损伤： 阴茎受到外部损伤或刺激，例如割伤、挤压等，都可能导致疼痛感。

5. 神经痛： 神经痛可能引起阴茎和周围区域的隐隐作痛感，尤其是在神经受损或受刺激的情况下。

由于这些症状可能与严重的健康问题有关，建议及时就医，接受专业医生的诊断和治疗。