龟头疼痛和尿道肿痛以及包皮发黑可能是由多种因素引起的。这些症状可能表明存在感染、炎症或其他医学问题。常见的病因包括性传播感染（如淋病、生殖器疱疹等）、真菌感染（如念珠菌感染）、细菌感染（如包皮炎、尿道炎等）、过敏反应、创伤等。建议及时就医，由专业医生进行检查和诊断。在等待就医期间，可以尝试保持龟头和包皮的清洁干燥，避免性行为以减少不适，并饮食健康，保持充足的水分摄入。请注意，上述建议仅供参考，具体治疗方案需根据医生的诊断和建议进行。