百令胶囊和金水宝胶囊都是中成药，主要成分和用途有所不同。

百令胶囊的主要成分是冬虫夏草菌粉，具有益肾壮阳、补肺平喘、止血化痰的功效。主要用于治疗慢性支气管炎、哮喘、肾功能不全等症状。临床研究表明，百令胶囊对改善肾功能、增强免疫力有一定效果，适合用于免疫力低下、慢性病患者的辅助治疗。

金水宝胶囊的主要成分是发酵虫草菌丝体，也具有益肾壮阳、补肺止咳的作用。它被广泛用于治疗慢性肾炎、慢性支气管炎、肺纤维化等疾病。研究表明，金水宝胶囊可以提高机体免疫力，改善肾功能，对呼吸系统疾病也有一定疗效。

两者在成分上都含有虫草，但百令胶囊是冬虫夏草菌粉，而金水宝胶囊是发酵虫草菌丝体。因此，尽管它们的功效有些相似，但因成分和制作工艺不同，其具体疗效和适应症也有差异。使用时应根据个人健康状况和医生建议选择适合的药物。