男性尿液不干净的主要原因可能包括以下几个方面：1. 尿道感染或炎症，如尿道炎或前列腺炎，可能导致尿液排出不畅，造成残余尿液残留。2. 尿道结石或尿道狭窄等解剖结构问题，影响尿液的正常排出。3. 尿液潴留，可能由神经性膀胱或其他膀胱控制问题引起。4. 生活习惯或卫生习惯不佳，如长时间憋尿或不彻底清洁尿道等，也可能导致尿液不干净。因此，如果男性出现尿液不干净的情况，建议及时就医，进行相关检查和治疗。