早上尿痛并且尿液呈现黄色可能由多种原因引起。常见的可能性包括：

1. 脱水：长时间没有饮水或者体液流失过多可能导致脱水，尿液因此变得浓缩并呈现黄色。
2. 尿路感染：尿路感染（尤其是膀胱炎）是造成尿痛和尿液变色的常见原因之一，这种情况下通常伴有其他症状，如尿频、尿急等。
3. 结石：泌尿系统结石可能引发尿痛，并使尿液呈现不正常的颜色，通常伴随着腰部疼痛或不适感。
4. 肾脏问题：肾脏疾病或问题也可能导致尿液变色和尿痛，如肾结石、肾炎等。
5. 膀胱问题：膀胱疾病或问题也是尿痛和尿色改变的潜在原因之一，例如膀胱结炎或膀胱癌。

鉴于这些情况可能性，建议您及时就医进行进一步检查和诊断，以确定确切的原因并获取合适的治疗。