建曲和神曲都是中药材，常用于中医药方中，但它们的功效有所不同。

建曲，又称为神曲，是由小麦、稻米等原料发酵而成的中药。其主要功效包括：

1. 健胃消食：建曲具有帮助消化、促进胃肠蠕动的作用，常用于治疗食积、腹胀、消化不良等症状。
2. 行气止痛：它能疏通气机，缓解因气滞引起的疼痛，常用于治疗胸腹胀痛。
3. 化痰止咳：建曲对痰湿引起的咳嗽有一定疗效，可以化痰止咳。

神曲是一种传统的中药发酵制剂，原料包括小麦、面粉、豆粉、杏仁等。其主要功效包括：

1. 健胃消食：神曲具有显著的助消化作用，能够增强胃的消化功能，常用于治疗饮食积滞、胃脘胀满等。
2. 行气解郁：神曲能疏通气机，缓解因气机阻滞引起的胸闷、腹胀等症状。
3. 止泻：由于神曲具有调理肠胃的作用，对于因消化不良引起的腹泻有一定效果。

建曲和神曲在消化系统疾病的治疗上有较为相似的功效，均可用于健胃消食和行气解郁。神曲在止泻方面效果更为明显，而建曲在化痰止咳方面有其独特的作用。在临床应用中，具体选择哪一种药材应根据患者的具体症状和体质，由专业中医师进行辨证施治。