治疗男性支原体和衣原体感染的常用药物主要包括抗生素，以下是几种常见的药物及其使用方法：

1. 阿奇霉素：通常作为一线治疗药物，推荐剂量为一次性口服1克，或根据医生建议的剂量和疗程。阿奇霉素对支原体和衣原体感染均有效，且服用方便，副作用相对较少。

2. 多西环素：这是另一种常用的抗生素，通常推荐剂量为100毫克，每天两次，连续服用7天。多西环素在治疗支原体和衣原体感染方面也表现出良好的效果。

3. 红霉素：适用于对阿奇霉素或多西环素过敏的患者。常用剂量为500毫克，每天四次，持续7天。红霉素虽然疗效较好，但服用频率较高。

4. 克拉霉素：作为阿奇霉素的替代药物，剂量为500毫克，每天两次，连续7至14天。克拉霉素的副作用较少，适用于一些特殊情况的患者。

5. 左氧氟沙星：对于难治性感染，可考虑使用左氧氟沙星。常用剂量为500毫克，每天一次，连续7至10天。左氧氟沙星属于喹诺酮类抗生素，需在医生指导下使用。

在选择治疗方案时，应根据病原体的药敏试验结果和患者的具体情况，由医生确定最合适的药物和疗程。治疗期间应注意避免性行为，以防感染传播。治疗结束后，需进行随访检查，确保感染完全清除。