阴茎隐隐疼痛可能由多种原因引起，包括但不限于以下几点：

1. 性生活过度或刺激不当：过度的性生活或刺激可能导致阴茎疼痛，这可能是短期的现象，在休息后会减轻。

2. 性传播感染：性传播感染（STIs）如淋病、梅毒或生殖器疱疹等可能导致阴茎疼痛，通常伴随其他症状如瘙痒、灼热感或排尿困难。

3. 尿道炎或尿路感染：尿道炎或尿路感染可能引起阴茎疼痛，尤其是在排尿时。

4. 阴茎损伤：阴茎受到外部创伤或损伤时会出现疼痛，如过度摩擦、撞击或夹伤等。

5. 前列腺炎：前列腺炎可能引起会阴区域的不适和疼痛，有时也会放射到阴茎部位。

6. 其他健康问题：如尿道结石、包皮炎、阴囊炎等也可能导致阴茎疼痛。

如果阴茎隐隐疼痛持续或伴随其他症状，建议尽快就医，由专业医生进行全面评估和诊断。