男性性功能检查主要通过以下几种方法进行：

1. 详细病史询问：包括性功能障碍的发生时间、频率、性生活时的表现等。

2. 体格检查：主要检查外生殖器和其他可能影响性功能的身体部位。

3. 实验室检查：可以通过血液检查，检测睾丸激素水平、糖尿病指标等来评估性功能状态。

4. 性功能评估问卷：例如IIEF（International Index of Erectile Function）问卷，用于评估勃起功能。

5. 神经系统评估：包括感觉和运动功能的评估，以及与性功能相关的神经系统状况。

6. 心理评估：如性心理学的评估，可以评估心理因素对性功能的影响。

7. 功能性检查：如阴茎勃起功能的测量，可以使用勃起性功能测量仪（RigiScan）等设备。

以上是常见的男性性功能检查方法，医生会根据具体情况选择合适的检查项目，以便准确评估性功能问题的原因及程度。