男性生殖器根部长了小水泡可能是多种原因引起的，包括但不限于以下几种可能性：

1. 滑膜囊肿：由于毛囊或皮脂腺口阻塞导致的皮肤下液体积聚所致。通常为无痛、透明、圆形的小水泡，一般无需处理，会自行消退。

2. 疖肿：常由于毛囊感染引起的皮肤脓肿，表现为红肿、疼痛、有脓头的水泡。需保持局部清洁，避免挤压，并根据情况采取抗生素治疗。

3. 丹毒：由链球菌感染引起的皮肤疾病，常表现为皮肤红肿、水泡形成，并伴有发热、局部疼痛等症状。需及时就医，接受抗生素治疗。

4. 皮肤疱疹：由水痘-带状疱疹病毒引起的病毒性感染，常表现为水疱群集，伴有疼痛、灼热感。需就医确认诊断，并根据医嘱进行抗病毒治疗。

由于不同病因所致的水泡治疗方法各异，建议及时就医进行诊断，并遵循医嘱进行处理。保持生殖器卫生，避免摩擦和过度清洁，有助于减少水泡的发生。