男性支原体衣原体感染的治疗主要通过抗生素来进行。常用的药物包括阿奇霉素、多西环素、米诺环素等，这些药物能够有效地杀灭支原体衣原体。治疗过程中需要严格按照医生的建议使用药物，完成整个疗程，即使症状缓解也不可中止治疗。性伴侣也需要接受治疗，以避免反复感染。治疗期间应避免性行为，直至病情完全消除。在治疗过程中，定期复查感染情况，确保疗效。部分感染可能会出现耐药性，若治疗无效，需要与医生商议调整治疗方案。个人卫生习惯的改善也是预防感染再次发生的重要措施，包括保持清洁、避免性行为过度频繁等。