男性阴茎下的小疙瘩可能由多种原因引起，包括但不限于以下几种：

1. 疣状软肉瘤：由人类乳头瘤病毒（HPV）感染引起，通常表现为小疙瘩或皮肤增生。
2. 油脂粒：油脂腺的堵塞导致的囊肿，通常无痛但可能引起不适。
3. 扁平苔藓：常见于男性生殖器上的一种慢性皮肤病，表现为小疙瘩和红斑。
4. 性病：某些性传播疾病如梅毒或生殖器疱疹可能引起阴茎下的小疙瘩。

建议有小疙瘩出现的男性尽早就医，由专业医生进行检查和诊断，以确定病因并获得合适的治疗方案。