肾盂肾炎和膀胱炎是两种不同的器官组织疾病，但有时候它们会导致类似的尿道刺激症状，比如尿频、尿急、尿痛，同时在实验室检查中也会显示尿液中有白细胞和红细胞，经尿细菌检查也会显示阳性。因此，对这两种疾病进行准确的鉴别诊断对治疗尤为重要。
1、尿抗体包裹细菌检查阳性者多为肾盂肾炎，阴性者多为膀胱炎。
2、膀胱灭菌后作尿细菌培养，结果阳性者多为肾盂肾炎，阴性者多为膀胱炎。
3、有发热（>38℃）、腰痛、肾区叩击痛或尿中有白细胞管型者，多为肾盂肾炎，仅有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激征者，多为膀胱炎。
4、经治疗后症状消失，停药6周内复发者多为肾盂肾炎，超过6周再发者多为膀胱炎，用单剂量抗菌药治疗无效或复发者多为肾盂肾炎，单剂量抗菌药能治愈者多为膀胱炎。
5、经治疗后仍有肾小管功能减退表现，能排除其他原因者或X线肾盂造影有异常改变者，多为肾盂肾炎。
6、致病菌为较罕见的绿脓杆菌、变形杆菌、粪肠球菌，或为复杂性尿路感染者，多为肾盂肾炎。
