如果女方在婚姻期间出轨并怀了别人的孩子，首先需要明确的是，婚姻中的信任和忠诚是最基本的要素。 在这种情况下，夫妻双方应冷静面对问题，理性处理。

第一步是沟通，双方需要坦诚交流，了解女方出轨的原因以及她的态度，是否愿意承担责任。男方应尽量避免情绪化反应，理性面对这个复杂的问题。

第二步是确认孩子的亲生父亲。通过DNA鉴定等科学手段确认孩子的生父是谁。若确认孩子非丈夫所生，男方可以根据婚姻法提出离婚请求。

第三步是法律援助。在法律上，出轨行为属于婚姻过错行为，男方可以要求离婚并根据过错方承担相应的经济赔偿。女方若怀有他人的孩子，男方无需承担抚养责任，但可以依据具体情况申请分配财产。

第四步，情感层面。如果男方能够接受这个现实，可以选择继续维持婚姻，但必须明确双方的信任是否能够恢复。婚姻的重建需要时间和共同的努力。

最终，处理这一问题时，情感、法律和道德因素都需综合考虑，建议咨询专业的婚姻家庭律师，做出符合自身最佳利益的决策。