有氧运动肌肉劳累的主要原因是运动过程中产生的代谢废物和能量消耗。有氧运动，如跑步、游泳等，需要肌肉长时间进行持续性、低至中等强度的活动，这导致肌肉细胞需要大量能量来维持运动。在有氧运动中，肌肉细胞通过氧化葡萄糖和脂肪产生能量，但同时也会产生二氧化碳、乳酸等代谢废物。这些废物在肌肉中积聚，影响了肌肉细胞的正常功能，导致肌肉疲劳和劳累感。有氧运动也会导致肌肉中的糖原和脂肪储备消耗殆尽，使肌肉能量供应不足，进一步加剧肌肉疲劳。因此，有氧运动肌肉劳累的主要原因是能量消耗过多和代谢废物积聚所致。