伊曲康唑胶囊和酮康唑是两种抗真菌药物，均属于唑类抗真菌药。伊曲康唑主要通过抑制真菌细胞膜中麦角甾醇的合成，干扰细胞膜的功能和结构，从而发挥抗真菌作用。酮康唑则通过抑制真菌细胞膜中麦角固醇的生物合成，破坏细胞膜的完整性，导致真菌细胞死亡。

伊曲康唑的口服生物利用度较高，特别是在酸性环境中吸收更好，且食物对其吸收有促进作用。其主要用于治疗皮肤癣菌病、深部真菌感染和一些特定的酵母菌感染。酮康唑也用于治疗皮肤癣菌病和深部真菌感染，但其口服吸收相对较差，且对胃酸环境要求更高，服用时需要在餐后立即进行。

在安全性方面，伊曲康唑与酮康唑相比，副作用相对较少。酮康唑长期服用可能导致严重的肝毒性，已在许多国家限制其口服使用，仅保留其外用制剂。伊曲康唑的主要副作用包括胃肠道反应、头痛和短暂性肝功能异常。

伊曲康唑因其较好的吸收率和相对较少的副作用，在临床使用中更为常见，而酮康唑由于肝毒性风险较高，口服使用已受到严格限制，主要用于外用制剂。