衣原体感染导致的肾盂肾炎需要通过一系列临床检查和实验室检测来确诊。以下是确诊过程的主要步骤：

1. 病史与症状：医生会首先了解患者的病史和症状，包括尿频、尿急、尿痛、发热、腰痛等常见肾盂肾炎症状，以及是否有泌尿系统或生殖系统感染的病史。

2. 体格检查：通过体格检查，医生可以发现患者是否有腰部压痛、肾区叩击痛等体征。

3. 尿液分析：尿常规和尿沉渣检查可以发现白细胞、红细胞和细菌，提示存在尿路感染。尿液白细胞酯酶阳性和亚硝酸盐阳性也提示尿路感染。

4. 尿培养和药敏试验：通过尿培养可以确定病原体种类及其对抗生素的敏感性。若尿培养结果显示衣原体感染，需要进一步的衣原体检测确认。

5. 核酸扩增检测（NAATs）：这是确诊衣原体感染的金标准。通过聚合酶链式反应（PCR）等方法检测尿液或生殖道分泌物中的衣原体DNA，具有高灵敏度和特异性。

6. 影像学检查：必要时，进行影像学检查如超声、CT或MRI，以评估肾脏及泌尿系统的结构性改变，排除其他可能的病因。

通过以上综合检查，医生可以明确诊断衣原体感染引起的肾盂肾炎，并制定相应的治疗方案。治疗通常包括抗生素治疗，以针对性地消灭衣原体感染。