医生治疗精子畸形的方法通常包括以下几种：

1. 生活方式调整： 包括戒烟、戒酒、保持健康饮食、避免高温环境等。
2. 药物治疗： 包括促排卵剂、抗生素、抗炎药等，视具体情况而定。
3. 手术治疗： 如修复精子输送通道、去除生殖系统结构异常等。
4. 辅助生殖技术（ART）： 包括体外受精（IVF）、单精子注射（ICSI）等，可用于治疗严重精子畸形的情况。

治疗方案的选择将取决于患者的具体情况、病因、病情严重程度以及医生的建议。因此，建议患者在就诊时详细描述症状和病史，接受医生的专业诊断和治疗方案。