非淋菌性尿道炎治疗后菌群失调可能导致症状复发或其他不适。治疗方案应综合考虑患者情况，可能包括以下几个方面：

1. 抗生素治疗：根据病原体敏感性选用适当的抗生素，并遵医嘱完成全程治疗。

2. 益生菌补充：可在抗生素治疗过程中或结束后补充益生菌，有助于恢复肠道和尿道菌群平衡。

3. 饮食调整：增加膳食纤维摄入，多摄入天然益生菌食品，如酸奶、发酵食品等，有助于维持肠道菌群健康。

4. 避免滥用抗生素：避免不合理使用抗生素，以免破坏肠道菌群平衡，导致复发。

5. 定期复查：定期复查尿液检查、尿道分泌物培养等，及时发现问题并调整治疗方案。

6. 调整生活方式：避免过度疲劳、情绪波动，保持规律作息，有助于提高免疫力，预防复发。

如果症状持续或加重，请及时就医。