肾结石和囊肿同时发生时的治疗需根据具体情况而定。治疗方案应由医生根据患者的病情、症状和检查结果综合考虑，一般可能采取以下策略：

1. 药物治疗： 对于较小的结石和囊肿，可以考虑药物治疗，如止痛药、利尿剂等以缓解症状和促进结石排出。

2. 手术治疗： 如果结石较大或伴随严重症状，可能需要外科手术或经内镜手术进行切除或碎石。

3. 保守治疗： 对于较小的囊肿，可以采取观察和保守治疗，定期复查其生长情况。

4. 改变生活方式： 如增加饮水量、调整饮食结构以减少结石形成的风险，同时避免过度劳累等因素。

5. 定期随访： 患者需定期复诊，监测病情变化，及时调整治疗方案。

针对肾结石和囊肿同时发生的治疗，需综合考虑病情的轻重缓急，选择合适的治疗方法，并在医生指导下进行治疗和管理。