输尿管在肾结石排出后仍会疼痛，可能是由于排石过程中造成的刺激和损伤所致。结石从肾脏移动至输尿管时，可能会导致输尿管的扩张和肌肉的痉挛，引起疼痛。结石在输尿管内移动时也可能造成输尿管壁的划伤和炎症，进一步导致疼痛。疼痛可能在结石排出后持续一段时间，直至输尿管内的刺激和炎症缓解。在这种情况下，可以通过饮水增加尿液产量，帮助冲洗残留在输尿管内的碎石，缓解疼痛。若疼痛持续或加剧，建议及时就医。