睾丸发育不良导致精子畸形的原因可能包括：

1. 先天性因素：包括遗传突变、染色体异常（如Klinefelter综合征）、胚胎发育异常等。
2. 环境因素：胎儿期受到母体暴露的毒素、放射线或药物（如化疗药物）影响，可导致睾丸发育不良。
3. 感染：某些感染如流行性腮腺炎病毒可引起睾丸炎，影响睾丸发育，从而影响精子形态。
4. 内分泌失调：睾丸发育和精子形态受内分泌调节，如睾丸激素分泌异常可影响发育和功能。
5. 生活方式：不良生活习惯（如酗酒、吸烟）、营养不良、肥胖等可对睾丸发育产生负面影响，间接影响精子形态。
6. 外伤：睾丸受到外伤，尤其是在青春期前后，可能导致睾丸发育不良，从而影响精子形态。

这些因素可能单独或联合作用，导致睾丸发育不良和精子形态异常。