慢性肾功能衰竭（CKD）时血钙降低的主要原因包括以下几个方面：

1. 活性维生素D减少：肾脏是将维生素D转化为其活性形式1,25-二羟维生素D的关键器官。慢性肾功能衰竭时，肾脏功能减退，导致活性维生素D的生成减少。这种活性维生素D不足会影响肠道对钙的吸收，从而导致血钙水平下降。

2. 甲状旁腺功能亢进：随着肾功能的恶化，磷的排泄减少，血磷水平升高。高磷血症可以通过负反馈机制抑制甲状旁腺激素（PTH）的释放，但长期的高磷血症反而会导致继发性甲状旁腺功能亢进。PTH过多会引起骨骼中钙的释放，但同时也增加了骨骼对钙的重新吸收，最终导致血钙水平下降。

3. 代谢性酸中毒：CKD患者常伴有代谢性酸中毒，酸中毒状态下，钙从骨骼中释放，但同时骨骼对钙的重新吸收增加，血钙水平降低。

4. 骨矿物质代谢障碍：慢性肾功能衰竭还会导致骨矿物质代谢障碍，包括肾性骨病等。这些代谢障碍会进一步影响血钙平衡，导致低钙血症。

慢性肾功能衰竭时血钙降低是由于活性维生素D减少、继发性甲状旁腺功能亢进、代谢性酸中毒和骨矿物质代谢障碍等多重因素共同作用的结果。这些病理变化均与肾脏功能下降密切相关。