先天性肾盂输尿管交界处狭窄的原因应除外可能包括解剖异常、先天性缺陷或遗传因素。解剖异常可能导致输尿管狭窄，如输尿管异常发育或错位。先天性缺陷可能涉及输尿管组织结构的问题，如管腔狭窄或异常增生。遗传因素可能使个体更容易受到先天性肾盂输尿管交界处狭窄的影响，这可能通过遗传基因突变或家族遗传方式传递。要除外这些原因，通常需要进行详细的临床评估和相关检查，例如影像学检查（如超声波、CT扫描或MRI）以及遗传学测试。最终的诊断需要由专业医生根据患者的病史、临床表现和检查结果来确定。