肾窦结石的最佳治疗方法取决于结石的大小、位置、成分以及患者的具体情况。以下是几种常见的治疗方法：

1. 体外冲击波碎石术（ESWL）：适用于直径小于2厘米的结石。通过体外产生的冲击波将结石击碎，使其能够通过尿液排出。这种方法非侵入性，恢复时间短，但对于较大的结石或位置深的结石效果可能有限。

2. 经皮肾镜取石术（PCNL）：适用于直径大于2厘米的结石。通过在患者背部小切口插入肾镜，直接碎石并取出。该方法适合较大或复杂的结石，但具有一定的创伤性，恢复时间较长。

3. 输尿管镜碎石术（URS）：适用于输尿管内或靠近肾盂的小结石。医生通过尿道插入输尿管镜，利用激光或气压碎石机将结石击碎并取出。该方法创伤较小，但可能需要多次手术。

4. 药物排石：适用于直径小于6毫米的结石。通过服用α受体阻滞剂等药物促进结石自然排出。此方法风险小，但效果不如手术明显。

5. 开放性手术：在结石特别大、复杂，或其他方法无效时采用。通过外科手术直接取出结石，创伤较大，恢复时间较长，已较少使用。

选择具体治疗方法应根据患者的综合情况，由专业医师进行评估后决定。术后预防复发措施同样重要，包括充足饮水、饮食调整及定期检查。